Kunjungan Industri Teknologi Bioproses UI 2015(Road to East Java)

Bismillah..

Pada 9-14 juni 2015 lalu, kami mahasiswa teknologi bioproses angkatan 2012 melakukan kunjungan industri ke beberapa perusahaan di Jawa Timur, perusahaan-perusahaan yang kami kunjungi antara lain: PT Unilever Indonesia Tbk., PT SIER Divisi Pengolahan Limbah, PT Petrokimia Gresik, PT Wilmar Nabati Indonesia, PT Cheil Jedang Indonesia(Bio Factory), dan PT Enegri Agro Nusantara. Kegiatan ini diikuti oleh 42 dari 54 mahasiswa dan dua dosen pendamping, beberapa teman kami tidak bisa ikut karena sidang seminar ataupun alasan lain. :(

Rencana perjalanan kami adalah pergi ke kota Surabaya menggunakan kereta kelas bisnis matarmaja dan menggunakan bis pariwisata selama di Jawa Timur. Perjalanan dimulai dari Stasiun Ps. Senen dan berhenti di Stasiun Surabaya, lama perjalanan sekitar 12 jam. Selama di Jawa Timur kami menginap di asrama haji dengan menyewa beberapa kamar.

Perjalanan hari-1(Rabu, 10 Juni 2015)

Plan: - PT Unilever Indonesia Tbk dan PT SIER Divisi Pengolahan Limbah

Pada hari pertama, meskipun cukup sedikit istirahat selepas perjalanan jauh dari Jakarta-Surabaya, kami harus langsung bersiap-siap untuk mengunjungi dua perusahaan yang ada di kawasan industri rungkut di kota Surabaya. Berikut beberapa cerita di kedua perusahaan tersebut:

PT Unilever Indonesia Tbk.

Perusahaan ini merupakan salah satu pabrik dari dua pabrik unilever yang ada di Indonesia dan lebih besar dibandingkan pabrik yang ada di Bekasi. Pabrik ini berdiri sudah cukup lama sejak 1930-an. Fokus produksi pabrik unilever surabaya adalah pada personal care, sabun-sabunan, dan pasta gigi. Ketika pertama masuk pabrik, kami menuju pos pengamanan untuk melapor diri dalam rangka kunjungan dan langsung dipandu menuju kantor untuk presentasi, diperjalanan sudah terlihat beberapa plan maupun alat-alat proses yang cukup besar membuat kami semakin tertarik menghadiri kunjungan ke unilever surabaya. Setelah itu, kami langsung disambut oleh ibu Irma selaku HRD perusahaan dan menyempatkan foto bersama didepan kantor bertuliskan PT UNILEVER tersebut. Lalu, kami masuk ke dalam kantor, kantornya cukup modern-minimalis menuju aula. Oya, dikantor tersebut dipajang berbagai prototype dari produk-produk yang dihasilkan oleh pabrik tersebut. Beberapa mahasiswa tak lupa menyempatkan berfoto disana. :)

Sesi presentasi

Unilever Indonesia berdiri sejak 80an tahun lalu, ada dua pabrik di Indonesia, satu di kawasan industri cikarang dan kawasan industri rungkut surabaya. Khusu yang di Surabaya adalah pabrik produksi produk-produk personal care seperti sabun, pasta gigi, sampo dll. Terdapat 3 kali presentasi, yang pertama mengenai safety saat kunjungan dilakukan, sejarah dan profil PT Unilever dan proses produksi yang dijelaskan secara detail oleh Mas-mas alumni ITB(saya lupa namanya) yang sudah cukup lama bekerja disana

Dari kunjungan ke pabrik ini, diharapkan hubungan kampus UI, khususnya program studi teknologi bioproses dengan PT Unilever semakin dekat dan lulusan-lulusan teknologi bioproses juga sangat berpeluang untuk berkontribusi di perusahaan tersebut

PT Sier(Surabaya Industrial Estate Rungkut) Divisi Pengolahan Limbah secara Biologis
Ini merupakan perusahaan kontraktor dan penyewaan atau pembelian lahan di kawasan industri ungkut surabaya. Yang kami kunjungi ini adalah divisi pengolahan limbahnya yang menangani limbah-limbah pabrik yang ada di kawasan tersebut. Perusahaan ini mengolah limbah dengan menggunakan agen biologis berupa mikroorganisme yang biasa disebut lumpur aktif, proses pengolahan dilakukan dalam beberapa lagoon aerobik yang ditampung dan dialirkan selama 24 jam dan secara kontinu air limbah yang sudah jernih dialirkan kembali ke sungai. Tujuan pengolahan limbah ini adalah untuk mengurangi kontaminasi limbah yang ada di kawasan industri. Sebagai mahasiswa bioproses, proses yang melibatkan mikroorganisme dalam skala industri sudah menjadi hal yang biasa dan merupakan kompetensi dasar yang dimiliki mahasiswa, meskipun aroma disekitar pabrik yang agak kurang sedap, kami cukup antusias mengikuti kunjungan kesini diareal pengolahan limbah terbuka yang cukup luas ini.

PT Petrokimia Gresik
Petrokimia gresik merupakan perusahaan besar yang juga merupakan anak perusahaan dari PT Pupuk Indonesia. Perusahaan ini berkecimpung dalam produksi pupuk yang berasal dari gas bumi. Selain itu, dia juga memiliki puluhan anak perusahaan yang memproduksi berbagai macam jenis pupuk diantaranya ZA, PONSKA, SP, dll. Sangking luasnya, kami mengunjungi kawasan pabrik dengan menggunakan bus milik petrokimia. Disamping itu perusahaan ini juga memiliki pelabuhan sendiri untuk menunjang distribusi produk keberbagai daerah di Indonesia maupun untuk keperluan ekspor. Pada tahun 2015 ini juga baru diresmikan anak perusahaan yang bernama PT Petrosida yang memproduksi produk-produk enzimatis yang menggunakan katalis biologis seperti mikroorganisme. Kalau tidak salah, petrosida gresik juga sudah memiliki koleksi mikrobanya sendiri. Berbagai reaksi biokimia maupun bioproses dapat diterapkan disini.

PT Wilmar Nabati Indonesia
(menyusul)

Kunjungan Industri Teknologi Bioproses 2015

Pada saat awal pembentukan jurusan ini, kunjungan industri yang dilakukan cukup antimainstream, kakak kelas angkatan 2008 bioproses melakukan kunjungan industri ke Singapura. Hmm, menarik sih. Kemudian, pada tahun-tahun selanjutnya kunjungan industri dilakukan di industri dalam negeri, karena industri bioproses didalam negeri pun sudah cukup banyak diberbagai bidang. Pada tahun 2015 ini mahasiswa teknologi bioproses insya Allah akan melakukan ekskursi(kunjungan industri) ke daerah Jawa Timur. Khususnya di kota-kota berikut: Surabaya, Gresik, Jombang dan Mojokerto. Targer perusahaan yang akan dikunjungi antara lain
- PT Unilever Indonesia
- PT SIER-PIER divisi pengolahan limbah secara biologis
- PT Petrokimia Gresik
- PT Cheil Jedang Indonesia
- PT Energi Agro Nusantara
- PT Wilmar Nabati

Kunjungan industri ini bertujuan untuk mengenalkan mahasiswa kepada dunia industri sekaligus mempererat hubungan antara kampus dan industri. Insya Allah akan diadakan Juni awal nanti, Doakan semoga lancar!

Peluang lulus 3,5 tahun dan Program Fast Track di FTUI

Secara normal, untuk lulus S1 di FTUI adalah 4-6 tahun. Kebanyakan 4 tahun, karena kalau lulus 4,5-6 tahun biasanya karena sedang mengemban amanah organisasi, atau cuti dan kendala lain. Tapi, mahasiswa bisa lulus 3,5 tahun dengan mendaftarkan diri ke program tersebut, salah satu syaratnya adalah IPK mesti diatas 3,5. Selain itu ada program "fast track", syaratnya IPK 3,2 lebih dan mengikuti tes dan persyaratan tertentu, di program ini kamu bisa mengambil program S2 lebih cepat. Jadi, gelar S1 dan S2 bisa kamu capai dengan total 5 tahun kuliah.

Seminar Series by Prof. Masafumi Yohda from Tokyo University of Agriculture and Life Science Japan

Bulan mei 2015, bioproses UI melalui Prof. Heri Hermansyah mengadakan seminar series oleh Prof. Yohda, materi yang disampaikan mencakup protein engineering dan bioteknologi serta pengaplikasian penelitian ke dunia industri di Jepang. Seminar dilakukan tiga kali pada hari yang berbeda, dalam penyampaiannya Prof. Yohda sangat antusias, karena masih belajar listening, kadang saya pribadi sulit mencerna pemaparan beliau dalam bahasa inggris ditambah dengan logatnya yang jepang. Tapi, itu menjadi pengalaman menarik dan menambah wawasan akan nuansa perkuliahan oleh dosen luar negeri, dan yang paling penting beliau selalu hadir tepat waktu, memang budaya Jepang sangat mementingkan tepat waktu. Salut! :)

Keketanan(Daya Saing) Program Studi Teknik UI

Program Studi Teknologi Bioproses memiliki daya saing paling ketat diantara jurusan IPA UI pada SBMPTN tahun 2014 lalu dengan presentase keketatan sebesar 1,88%. Dan urutan ketiga pada jalur SIMAK UI dengan presentase 1,10%, dimana yang pertama adalah teknik industri(0,85%) dan kedua adalah Gizi(1,09%).(sumber: http://simak.ui.ac.id/reguler.html)

Keketatan adalah persentase jumlah peserta diterima berbanding jumlah peserta pendaftar Semakin besar persentase berarti daya saing rendah Semakin kecil persentase berarti daya saing tinggi

NO	FAKULTAS/PROGRAM STUDI	SNMPTN			SBMPTN			SIMAK UI			KELOMPOK UJIAN
	TAHUN AJARAN	2014		2015	2014		2015	2014		2015
	KETERANGAN	PEMINAT	KEKETATAN	DAYA TAMPUNG	PEMINAT	KEKETATAN	DAYA TAMPUNG	PEMINAT	KEKETATAN	DAYA TAMPUNG
RUMPUN ILMU KESEHATAN (IPA)
1	KEDOKTERAN
	Pendidikan Dokter	1,939	2.78%	90	2,947	2.51%	54	4,121	1.36%	36	IPA
2	KEDOKTERAN GIGI
	Pendidikan Dokter Gigi	610	9.51%	65	1,209	3.23%	39	2,542	1.46%	26	IPA
3	KESEHATAN MASYARAKAT
	Kesehatan Masyarakat	936	5.56%	75	1,980	2.98%	45	3,178	1.26%	30	IPA
	Studi Gizi	496	5.44%	25	1,413	1.98%	15	1,744	1.09%	10	IPA
	Kesehatan Lingkungan	185	6.49%	25	1,053	1.99%	15	842	2.02%	10	IPA
	Kesehatan dan Keselamatan kerja	-	-	25	-	-	15	-	-	10	IPA
4	ILMU KEPERAWATAN
	Ilmu Keperawatan	490	12.04%	65	854	5.39%	39	688	3.49%	26	IPA
5	FARMASI
	Farmasi	687	6.26%	50	1,165	2.75%	30	1,531	2.02%	20	IPA
RUMPUN SAINS DAN TEKNOLOGI (IPA)
6	MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
	Matematika	441	9.30%	50	830	3.37%	30	1,023	2.44%	20	IPA
	Fisika	237	16.03%	50	639	4.38%	30	916	2.84%	20	IPA
	Kimia	202	13.86%	45	503	4.17%	27	652	3.22%	18	IPA
	Biologi	256	11.72%	50	822	3.65%	30	1,117	2.06%	20	IPA
	Geografi	207	11.11%	50	778	3.86%	30	686	3.50%	20	IPA
7	ILMU KOMPUTER
	Ilmu Komputer	681	5.14%	50	1,339	3.81%	30	1,606	2.74%	20	IPA
	Sistem Informasi	535	4.49%	50	1,216	3.87%	30	2,137	2.11%	20	IPA
8	TEKNIK
	Teknik Sipil	525	5.90%	40	1,198	2.59%	24	1,600	1.50%	16	IPA
	Teknik Mesin	348	9.20%	40	1,152	2.52%	24	1,223	1.96%	16	IPA
	Teknik Elektro	352	10.23%	40	881	2.84%	24	977	2.35%	16	IPA
	Teknik Metalurgi dan Material	442	8.14%	40	1,082	2.50%	24	1,592	1.51%	16	IPA
	Arsitektur	642	5.30%	40	1,194	2.18%	24	1,321	1.82%	16	IPA
	Arsitektur Interior	479	3.76%	30	1,117	2.24%	18	1,259	1.67%	12	IPA
	Teknik Kimia	569	6.15%	40	995	2.41%	24	1,513	1.52%	16	IPA
	Teknik Industri	704	5.26%	40	1,245	2.01%	24	1,888	0.85%	16	IPA
	Teknik Perkapalan	211	5.69%	30	628	4.78%	18	746	2.82%	12	IPA
	Teknik Lingkungan	343	6.41%	30	827	2.78%	18	1,435	1.25%	12	IPA
	Teknik Komputer	307	5.21%	30	1,135	2.38%	18	785	2.80%	12	IPA
	Teknologi Bioproses	360	7.22%	30	1,065	1.88%	18	1,452	1.10%	12	IPA

(Coming Soon!) Laboratorium Depertemen Teknik Kimia on Frame :)

Mau tau ada laboratorium apa aja di DTK dan unit-unitnya?, insya Allah ditunggu aja ya :)

Kemampuan enzim ligase dari E. Coli yang terinfeksi virus T4 Bakteriofage dalam proses penggabungan fragmen DNA membentuk ikatan fosfodiester

Kemampuan enzim ligase dari E. Coli yang terinfeksi virus T4 Bakteriofage dalam proses penggabungan fragmen DNA membentuk ikatan fosfodiester

oleh Wendi Anata

Pendahuluan

Ligasi adalah proses penyambungan antara satu fragmen DNA dengan fragmen DNA lainnya. Ligasi merupakan pembentukan ikatan fosfodiester dari ujung-ujung 2 untai DNA. Dalam proses pengklonan, DNA asing dari suatu makhluk hidup disambungkan dengan vector pengklonan, yakni dapat berupa plasmid, phage dan cosmid sebagai vektor untuk bakteri. Dalam proses penyambungan(ligasi), faktor yang sangat berperan adalah enzim ligase. Enzim ligase adalah enzim yang berfungsi menggabungkan fragmen DNA asing yang telah dipotong dengan enzim restriksi dengan fragmen DNA vector. DNA insert yang berasal dari fragmen DNA asing dipotong pada bagian yang sesuai dengan bagian pemotongan DNA vector, sehingga keduanya dapat saling berkomplemen.

Terdapat 2 jenis reaksi ligasi, yaitu: Intermolekuler dimana ujung kedua molekul DNA saling bergabung dan Intramolekuler dimana ujung molekul DNA yang sama saling bergabung sehingga membentuk suatu sirkular.

   

T4 DNA Ligase

Salah satu contoh bakteri yang umum digunakan dalam proses rekayasa genetik sekaligus penghasil enzim ligase adalah bakteri Escherichia coli(E. coli). E. coli menghasilkan dua jenis enzim, yakni enziim DNA Ligase, yaitu enzim ligase yang dihasilkan oleh bakteri E. coli itu sendiri dan T4 DNA Ligase, yaitu enzim ligase yang dihasilkan oleh bakteri E. coli yang telah terinfeksi virus T4 Bakteriofage. Kedua enzim tersebut mempunyai peran yang sama dalam pembentukan ikatan phosphodiester antar nukleotida pada DNA yang akan disambung. Perbedaan dari kedua enzim tersebut hanya terletak pada kofaktornya, pada E.coli DNA Ligase adalah NAD+ sedangkan pada T4 DNA Ligase adalah ATP.
 

Enzim T4 DNA ligase hanya dapat menggabungkan fragmen DNA yang mempunyai ujung tidak rata, yang disebut dengan sticky end, dengan ujung rata (blunt end). Untuk meligasi ujung rata, dibutuhkan konsentrasi enzim yang cukup besar. Enzim T4 DNA ligase mengkatalisasi pembentukan ikatan kovalen antara gula dengan phosphate dari nukleotida yang berdekatan, sehingga terbentuk ikatan phospodiester dimana satu nukleotida memiliki ujung 5’ phosphate bebas dan nukleotida yang lain memiliki ujung 3’gugus hidroksil. Dalam menggabungkan dua fragmen DNA berbeda, enzim T4 DNA Ligase tidak membedakan darimana DNA organisme tersebut berasal sehingga apapun organismenya maka fragmen DNA tersebut dapat digabungkan. Ligasi berhasil bila kedua ujung fragmen DNA yang akan disambungkan berkomplemen. Gabungan kedua fragmen ini menjadi satu disebut dengan DNA Rekombinan.

Mekanisme T4 DNA Ligase dalam Penggabungan DNA

Pertama-tama, terjadi hidrolisis kofaktor, yaitu NAD⁺ atau ATP, dalam kasus ini kofaktornya adalah ATP. Hidrolisis kofaktor ini menghasilkan enzim-adenylate AMP yang berikatan kovalen dengan protein lysin pada sisi aktif enzim dengan melepaskan pyrofosfat inorganic (PPi). Kemudian, sebagian AMP akan berpindah dari sisi aktif lysin ke ujung bebas 5’-fosfat yang berada pada nick DNA. Ujung 3’-OH akan menyerang ikatan AMP-5’-fosfat. Dan, terbentuklah ikatan fosfodiester antara ujung 3’-OH yang berada di ujung nick dengan 5’-fosfat dan melepaskan AMP dan enzim adenylate

Skema proses penggabungan DNA dalam suatu DNA Rekombinan adalah sebagai berikut:

Secara ringkas, mekanisme penggabungan dua fragmen DNA dengan bantuan enzim T4 DNA Ligase terdiri dari tiga tahap sebagaimana skema diatas:

1.    Pembentukan sebuah ikatan kompleks kovalen enzim-AMP yang dihubungkan dengan sebuah lysine side-chain pada sisi aktif enzim.

2.    Proses pemindahan AMP ke 5’ phosphate dari fragmen DNA

3.    Penyerangan pada ikatan AMP-DNA oleh 3’-OH menghasilkan ikatan kovalen fosfodiester dan menghasilkan AMP

Proses ligasi memiliki suhu optimum pada 37° Celsius(Primrose 2001). Suhu optimum dari enzim tersebut akan berpengaruh terhadap kondisi proses penggabungan DNA dilakukan. Pada umumnya, penggabungan DNA dengan bantuan enzim ligase dilakukan di suhu-suhu yang bervariasi. Namun, pada beberapa kasus dilakukan pada suhu-suhu tertentu. 

Daftar Pustaka

Anam, Khairul. Laporan Praktikum Rekayasa Genetika Laporan III (DNA Rekombinan). Program Studi Bioteknologi. Sekolah Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor. 2010

Primrose. Principles of Gene Manipulation 6 Edition. Blackwell Science. UK. 2001

http://www.biochem.umd.edu/biochem/kahn/molmachines/replication/DNA%20Ligase.htm

http://bitesizebio.com/10279/the-basics-how-does-dna-ligation-work/